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1896年，洛克菲勒退休。
洛克菲勒退休后致力于慈善事业，主要是教育和医药领域。
（资本家老了为什么都喜欢研究医学？为了获得更多的资本。）
他在1897年正式结束对标准石油的直接管理，但保持了大部分的股权。
他出资成立洛克菲勒研究所，资助北美医学研究，包括根除十二指肠寄生虫和黄热病，帮助了野口英世的研究，也对抗生素的发现贡献甚大。
1899年，洛克菲勒又将分公司联合成立新泽西美孚石油公司。
1901年，他成立了洛克菲勒医学研究所。该机构后在1965年提供大学教育后，改名为洛克菲勒大学。
1902年，他设立的通才教育董事会，宗旨是为了推进美国每一个角落，每一阶层的教育，尤其是南方黑人的教育。
本机构最重要的影响在于资助了1910年“弗莱克斯纳报告”计划（之前由卡内基资助），本计划的实现对美国医药起了革命性的变化。
洛克菲勒也对耶鲁大学，哈佛大学，布朗大学，brynmawr，wellesley，vassar提供过资助。
